High end app-store versnelt translationeel onderzoek

Mirjam Hulsebos portret

IT speelt een steeds belangrijker rol in medisch onderzoek. Voor artsen, biologen en AIO’s is IT echter niet het meest aantrekkelijke deel van het werk. Zij maken weinig gebruik van elkaars kennis en ervaring, vinden vaak zelf het wiel uit en verspillen op die manier onnodig veel tijd.

Het Center for Translational Molecular Medicine ontwikkelde een high end app-store, waar onderzoekers die zich bezighouden met translationeel moleculair onderzoek alle it-benodigdheden uit de cloud kunnen afnemen. Het resultaat: kostenbesparing en versnelling van translationeel onderzoek.

Kanker, cardiovasculaire aandoeningen, Alzheimer, reuma en diabetes zijn ‘grote Westerse ziekten’ waar verreweg het meeste onderzoek naar wordt gedaan. Het duurt vaak jaren, zo niet decennia voordat een ontdekking in het laboratorium is vertaald naar een nieuwe vorm van diagnostiek of behandeling die écht kan worden toegepast.

Het Center for Translational Molecular Medicine, kortweg CTMM, probeert dit gat tussen fundamenteel onderzoek en productontwikkeling te dichten, zodat patiënten sneller kunnen profiteren van nieuwe of verbeterde vormen van diagnostiek en behandeling. Deze ‘vertaalslag’ van onderzoek naar praktische toepassing in de kliniek wordt doorgaans aangeduid met de term translationeel onderzoek.

Het CTMM is een publiek-private samenwerking van 125 partners: alle UMC’s, enkele universiteiten en 90 bedrijven die apparatuur en hulpmiddelen ontwikkelen op het gebied van diagnostiek en behandeling. Het samenwerkingsverband wordt gefinancierd door de partners, de Nederlandse overheid (aardgasbaten), de Hartstichting, de Nierstichting, het Diabetesfonds, KWF Kankerbestrijding, het Reumafonds en de Maag Lever Darm Stichting.

 

IT-hobbels wegnemen

CTMM, portret, groep, Eindhoven, 21 3 2014

Jan Willem Boiten

 

Een van de programma’s van CTMM is TraIT, wat staat voor Translationele Research IT. TraIT probeert de it-hobbels weg te nemen waar onderzoekers in hun dagelijkse praktijk
tegenaan lopen. Projectleider Jan-Willem Boiten: “Een van de kenmerken van translationeel onderzoek is dat het heel multidisciplinair is, in tegenstelling tot fundamenteel onderzoek. Je brengt datasets uit verschillende typen onderzoek bij elkaar en gaat op zoek naar correlaties.”

“Denk bijvoorbeeld aan DNA-onderzoek, imaging, klinische studies of anamneses. Die datasets zijn vaak eigendom van verschillende instituten en onderzoekscentra. Die gebruiken hun eigen opslagmethodieken en -formats, en soms gebruiken die ook nog eens hun eigen datadefinities. Het is tot voor kort altijd zo geweest dat degenen die translationeel onderzoek deden – AIO’s, biologen, artsen – zelf al dat ‘datagedoe’ moesten oplossen. En dat is zonde, want dat kost veel tijd en is niet het meest inspirerende deel van het onderzoek. Maar het is ook geen taak die je makkelijk aan iemand anders kunt uitbesteden, want je moet tot in detail begrijpen wat de data betekent.”

Er komen bij translationeel onderzoek daarnaast ook veel it-aspecten kijken: je hebt opslagcapaciteit en rekenkracht nodig. IT is niet het specialisme van artsen en biologen, dus de kans dat ze ergens de mist in gaan met het waarborgen van de privacy of het garanderen van de security is niet te verwaarlozen. Boiten: “Daarom hebben wij gezegd: als wij nu eens de infrastructuur en de benodigde applicaties ter beschikking stellen via een app-store waar
onderzoekers zelf datgene kunnen afnemen wat ze nodig hebben. Dan hoeven zij zich niet langer druk te maken over de it-kant van hun onderzoek. Als iedereen bovendien dezelfde structuur hanteert voor bijvoorbeeld vragenlijsten, dan is het ook veel makkelijker om
datasets te combineren. Dat biedt ook veel mogelijkheden voor toekomstig onderzoek.”

 

Verbinding

Dat is de ontstaansgrond van TraIT. In deze high end app-store vinden onderzoekers applicaties die kunnen helpen bij imaging onderzoek, klinische onderzoeken en genetische onderzoeken, alsmede integratietools die deze apps op een makkelijke manier met elkaar kunnen verbinden. “Want juist het verbinden van die verschillende componenten is de kern van translationeel onderzoek,” weet Boiten. “Hoe makkelijker je die verbindingen kunt leggen, hoe meer snelheid je kunt maken met je onderzoek.”In de app-store vinden onderzoekers applicaties die
zich al bewezen hebben. “Wij steken veel energie in de selectie van goede tools,” vertelt Boiten, “waarbij we uit kostenoogpunt het liefst kiezen voor open source. Wij houden constant in de gaten welke nieuwe tooling wordt ontwikkeld. We testen de tooling in echte studies. Pas als de applicatie zich bewezen heeft, komt hij beschikbaar via onze website.”

Hij ziet TraIT als de naaimachine en garen die de lappendeken van applicaties met elkaar verbindt. “Wij nemen de applicaties die we ter beschikking stellen af uit de markt. Onze toegevoegde waarde zit er vooral in dat we die applicaties met elkaar laten samenwerken. Want zoals gezegd is dat nu vaak de drempel in translationeel onderzoek. Bovendien is deze gedeelde it-infrastructuur zeer kosteneffectief: individuele onderzoekers hoeven de applicaties niet meer zelf te installeren.”

Eén van de meest gebruikte applicaties binnen TraIT is OpenClinica, software waarmee onderzoekers zelf hun eigen vragenformulier kunnen ontwikkelen, bijvoorbeeld om een
anamnese te maken. Dat vragenformulier kunnen ze via het web aan alle artsen en onderzoekers die aan hun onderzoek deelnemen ter beschikking stellen. De tool spuugt vervolgens datasets in het CDISC ODM format uit dat wereldwijd als standaard wordt
gebruikt.

Boiten: “UMC’s en bedrijven kunnen die software natuurlijk ook zelf aanschaffen en in hun eigen datacenter draaien, maar dan moeten ze de applicatie ook zelf beheren. Ook is de toegang voor artsen uit andere ziekenhuizen die participeren in het onderzoek dan meestal zeer problematisch.”

zeg eens aaa bij high end app Mirjam

Uit de cloud

Dat onderzoek en IT twee gescheiden werelden zijn, is helemaal niet erg, zolang dat maar niet ten koste gaat van aspecten als security, privacy, backup en restore. “En daar wringt soms de schoen,” weet Boiten. “Onderzoekers moeten dat zelf regelen. Daardoor is er geen standaardkwaliteit. De ene onderzoeker heeft de zaken beter op orde dan de andere.”

TraIT biedt hier de oplossing voor. Door alle benodigde IT – van applicaties tot en met infrastructuur – aan te bieden op een goed beveiligd en hoog beschikbaar cloudplatform, kunnen veel betere garanties worden gegeven over security, privacy en beschikbaarheid.

CTMM heeft geen eigen datacenter, maar maakt gebruik van de dienstverlening van Vancis. “Wij zijn immers ook geen it-experts,” geeft Boiten toe. “Wij verdiepen ons in hoe we translationeel onderzoek kunnen versnellen. IT speelt daarin een rol, maar het is niet onze core business. Dat is het wel van Vancis. Bij hen weten we zeker dat de data in veilige handen blijft. Ze voldoen aan de strengste eisen op het gebied van security. Vancis heeft bovendien
een rechtstreekse aansluiting op SURFnet, waar ook alle UMC’s op zijn aangesloten. Dat betekent dat de meeste onderzoekers niet eens gebruik hoeven te maken van het reguliere internet, maar dat ze via de lichtpaden van SURFnet onze diensten kunnen afnemen. Dat maakt de dienstverlening nog veiliger en sneller.”

Geef een reactie

Gerelateerde berichten...

X